Орган пословођења Факултета је декан.
Декан се бира из реда редовних професора на Факултету који су у радном односу са пуним радним временом.
Посебан услов за избор декана је да испуњава услове за ментора, у складу са критеријумима Националног савета за високо образовање.
Декан за свој рад одговара Савету Факултета.
Декан формира колегијум који чине продекани и секретар Факултета.
Руководство факултета
ДЕКАН
Проф. др Владимир Јањић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије медицине на српском језику и Мастер академске студије
Проф. др Наташа Здравковић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије фармације на српском језику
Проф. др Срђан Стефановић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије стоматологије
Проф. др Марко Милосављевић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије на енглеском језику
Доц. др Бранимир Радмановић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Основне струковне студије
Проф. др Снежана Радовановић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Докторске академске студије
Проф. др Александар Ђукић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за акредитацију и реформу наставе
Проф. др Марко Фолић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за здравствене специјализације и уже специјализације
Проф. др Владимир Милорадовић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за здравствену делатност и сарадњу са наставно-научним базама
Доц. др Татјана Бошковић Матић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за међународну сарадњу и научноистраживачки рад
Проф. др Биљана Љујић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за издавачку делатност и континуирану медицинску едукацију
Проф. др Mилан Зарић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
СЕКРЕТАР факултета
Снежана Ивезић, дипл. правник 
Тел: +381 306 800 локал 107