Орган пословођења Факултета је декан.
Декан се бира из реда редовних професора на Факултету који су у радном односу са пуним радним временом.
Посебан услов за избор декана је да испуњава услове за ментора, у складу са критеријумима Националног савета за високо образовање.
Декан за свој рад одговара Савету Факултета.
Декан формира колегијум који чине продекани и секретар Факултета.
Руководство факултета
ДЕКАН
Проф. др Владимир Јаковљевић 
Тел: +381 34 306 800 локал101
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије медицине
Проф. др Дејан Петровић 
Тел: +381 306 800 локал 121
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије фармације
Проф. др Жељко Мијаиловић 
Тел: +381 306 800 локал 121
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Интегрисане академске студије стоматологије
Проф. др Гвозден Росић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Основне струковне студије
Проф. др Наташа Здравковић 
Тел: +381 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Докторске академске студије - медицинске науке
Проф. др Иван Срејовић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Мастер студије
Проф. др Небојша Здравковић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Универзитетске студијске програме
Проф. др Владимир Јањић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за акредитацију и реформу наставе
Проф. др Марко Фолић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН специјалистичких и уже специјалистичких студија
Проф. др Горан Давидовић 
Тел: +381 306 800 локал 103
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за здравствену делатност
Проф. др Мирјана Веселиновић 
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за међународну сарадњу и научно-истраживачки рад
Проф. др Невена Јеремић 
Тел: +381 34 306 800 локал 104
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
ПРОДЕКАН за Континуирану медицинску едукацију
Проф. др Душан Ђурић 
Тел: +381 34 306 800
(биографију - Curriculum Vitae погледајте овде)
СЕКРЕТАР факултета
Снежана Ивезић, дипл. правник 
Тел: +381 306 800 локал 107