Organ poslovođenja Fakulteta je dekan.
Dekan se bira iz reda redovnih profesora na Fakultetu koji su u radnom odnosu sa punim radnim vremenom.
Poseban uslov za izbor dekana je da ispunjava uslove za mentora, u skladu sa kriterijumima Nacionalnog saveta za visoko obrazovanje.
Dekan za svoj rad odgovara Savetu Fakulteta.
Dekan formira kolegijum koji čine prodekani i sekretar Fakulteta.
Rukovodstvo fakulteta
DEKAN
Prof. dr Vladimir Janjić 
Tel: +381 34 306 800
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za Integrisane akademske studije medicine na srpskom jeziku i Master akademske studije
Prof. dr Nataša Zdravković 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za Integrisane akademske studije farmacije na srpskom jeziku
Prof. dr Srđan Stefanović 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za Integrisane akademske studije stomatologije
Prof. dr Marko Milosavljević 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za Integrisane akademske studije na engleskom jeziku
Doc. dr Branimir Radmanović 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za Osnovne strukovne studije
Prof. dr Snežana Radovanović 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za Doktorske akademske studije
Prof. dr Aleksandar Đukić 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za akreditaciju i reformu nastave
Prof. dr Marko Folić 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za zdravstvene specijalizacije i uže specijalizacije
Prof. dr Vladimir Miloradović 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za zdravstvenu delatnost i saradnju sa nastavno-naučnim bazama
Doc. dr Tatjana Bošković Matić 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za međunarodnu saradnju i naučnoistraživački rad
Prof. dr Biljana Ljujić 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
PRODEKAN za izdavačku delatnost i kontinuiranu medicinsku edukaciju
Prof. dr Milan Zarić 
(biografiju - Curriculum Vitae pogledajte ovde)
SEKRETAR fakulteta
Dr Vladimir Vukadinović, dipl. pravnik 
Tel: +381 306 800 lokal 107