Page 17 - 59. КОНГРЕС СТУДЕНАТА БИОМЕДИЦИНСКИХ НАУКА СРБИЈЕ СА ИНТЕРНАЦИОНАЛНИМ УЧЕШЋЕМ

59. КОНГРЕС СТУДЕНАТА БИОМЕДИЦИНСКИХ НАУКА СРБИЈЕ 26-30.
СА ИНТЕРНАЦИОНАЛНИМ УЧЕШЋЕМ Април

ОПТИМИЗАЦИЈА МЕТОДЕ ЕКСТРАКЦИЈЕ ДНК ПРИ RAPD АНАЛИЗИ

Аутор: Александра Ковачевић
e-mail: sanja.kovacevic021@gmail.com
Ментор: проф. др Михајла Ђан
Департман за биологију и екологију Природно-математичког факултета, Катедра општеобразовних предмета, Медицински
факултет Нови Сад, Универзитет у Новом Саду

Увод: Први и кључни корак у свим методама молекуларне биологије је квалитетна екстракција дезоксирибонуклеинске
киселине (ДНК), за шта данас постоји велики број комерцијално доступних китова намењених ручној и
аутоматскојекстракцији ДНК. Због високе цене реагенаса комерцијални китови нису доступни многим мањим
лабораторијама, које и даље примењују мануелне протоколе. Без обзира на то који се метод екстракције користи, свака
лабораторија постојеће протоколе треба да прилагодисвојим потребама и могућностима.
Циљ рaдa: Циљ овог истраживања је оптимизација екстракције ДНК фенол-хлороформ методом за потребе RAPDанализе. У
раду је испитано како различита времена инкубације утичу на квалитет добијене ДНК.
Мaтеријaл и методе: Као узорак за екстракцију ДНК коришћенису брисеви букалне слузнице исте особе. Екстракција ДНК
извршена је фенол-хлороформ методом. Испитивани узорци су током протокола ДНК екстракције подвргнути различитим
временским интервалима инкубације (узорак А 24h; узорак Б 3h и узорак Ц 1h). Квалитет и квантитет изоловане ДНК
одређен је мерењем на NanoDrop спектрофотометру. За сваки од узорака извршена је ланчана реакција
полимеразе(PCR)помоћу три RAPDпрајeмера: OPA1, OPA4 и OPA5. RAPD профили су добијенигел електрофорезом.
Резултaти: Концентрација изоловане ДНК за узорке А, Б и Ц је износила: 6,06(ng/μl), 15,29 (ng/μl) и 19,28(ng/μl), редом.
RAPD-PCRпрофили су добијени за сва три испитивана прајмера, али само за узорак А, који је приликом екстракције ДНК
инкубиран 24 часа.
Зaкључaк: Оптимално време инкубације приликом екстракције ДНК из бриса хумане букалне слузнице по испитиваном
протоколу је 24 часа.
Кључне речи: оптимизација; екстракција ДНК; RAPD-PCR

DNA EXTRACTION OPTIMIZATION FOR RAPD ANALYSIS

Author: Aleksandra Kovačević
e-mail: sanja.kovacevic021@gmail.com
Mentor: FullProf. Mihajla Đan
Department of Biology and Ecology, Faculty of Sciences, Department of General Education Subjects, Faculty of Medicine Novi Sad,
University of Novi Sad

Introduction: The first and key step in all methods of molecular biology is high-qualitydeoxyribonucleic acid(DNA)extraction. Today,
there is a large number of commercially available kits intended for manual and automatic extractionof the DNA. Because of the
high price of reagents, commercial kits are not affordable to many small-scale laboratories, which continue to use manual
protocols. Regardless of the method of isolation, each laboratoryneeds to adapt the existing protocols to its needs and capabilities.
The Aim: The aim of this research is to optimize DNA extraction using the phenol-chloroform-based method for the RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA) analysis. The paper examines how different incubation times affect the quality of the obtained DNA.
Material and Methods:DNA was extracted from the buccal mucosa swab samplesof the same person,using the phenol-chloroform-
based method. The tested samples were subjected to different incubation time intervals (sample A 24h, sample B 3h and sample C
1h). The quality and quantity of extracted DNA was determined using the NanoDrop spectrophotometer. For each of the examined
samples Polymerase Chain Reaction(PCR)was preformed using three RAPD primers: OPA1, OPA4 and OPA5. RAPD profiles were
obtainedby gel electrophoresis.
Results: The concentration of extracted DNA for samples A, B and C was: 6.06 (ng/μl), 15.29 (ng/μl) and 19.28 (ng/μl), respectively.
RAPD-PCR profiles were obtained for all three examined primers, but only for sample A, which was obtained after 24-hour
incubation during DNA extraction.
Conclusion:The optimum incubation time of DNA extraction using human buccal mucosa swab sample according to the examined
protocol is 24 hours.
Keywords: optimization; DNA extraction; RAPD-PCR

Kopaonik, 2018.
11